Die zwei(evt 3) Varianten sind noch etwas anders laut Regelbuch 
Im Basisregelbuch wird das wie folgt erläutert (S. 97):
Edit: Im Wege der Helden ist es auch auf Seite 268 erläutert.
Variante 1:
Direkter Wurf auf schlechte Eigenschaft.
(Jemand mit Höhenangst wird bei "gelungener" Probe definitiv nicht mehr klettern können bzw Auswirkung muss vom Meister dann entschieden werden)
Variante 2:
Talentproben um schlechte Eigenschaft erschwert.
Eigenschaftsproben um [schlechte Eigenschaft/2] erschwert.
(Die schlechte Eigenschaft ist immer vorhanden - greift immer in passenden Situationen)
Variante 3:
Kombination der beiden -> also erst Wurf auf schlechte Eigenschaft. Ist diese Probe gelungen greifen die Erschwernisse der Variante 2.
(Rollenspieltechnisch halte ich diese am sinnvollsten. Jemand mit zB Höhenangst 6 wird nicht immer ein Problem haben - dafür sehe ich den Wert zu niedrig. Variante 1 wäre daher schlecht, da es mit diesem Wert immer nur ab und zu (in 30% der Fälle) urplötzlich nicht möglich wäre für den Char sich in Höhen auf zu halten. Mit Variante 2 wäre die Höhenangst 6 immer da - und dass wäre zumindest passender als Variante 1 aber mit dem mindestwert der Höhenangst immer unter solchen Nachteilen stehen? Nungut - für einige mag das stimmig sein - ich würde es jedoch eher nach Variante 3 halten. Kommt eine passende Situation macht man einen Wurf auf die schlechte Eigenschaft - ist diese gelungen greifen die Nachteile der Variante 2. Ist die Probe Misslungen hat man keine Nachteile (ich selber habe etwas Höhenangst - das heisst aber nicht dass ich immer drunter leide - deswegen missfällt mir Variante 2 noch ein wenig).
Das Regelbuch schlägt also zwei Varianten vor - und mit der Kombination der beiden (explizit auch vorgeschlagen) also auch eine dritte Variante. Muss man halt mit dem Meister und der Gruppe absprechen welche Variante gewählt wird.
Die zwölfe mit euch - Ando.
EDIT Schattenkatze: Diskussionen, wie Proben auf schlechte Eigenschaften gewürfelt werden, bitte in einem eigenen Thread im Bedarfsfalle diskutieren. Hier geht es um etwas anderes.